Poco distante dall'abitato di San Donato di Ninea, in un luogo veramente suggestivo sorge il Santuario rupestre di S.Michele Arcangelo. Il Santuario offre uno spettacolo mutevole e insolito, caratterizzato da due grotte meravigliose scavate dall’acqua con l’andar dei secoli. La prima grotta che si incontra presenta un limitato imbocco che si amplia gradualmente verso l’interno. E' difficile individuare con certezza l'origine del Santuario però è molto probabile, data la sua posizione fuori dall'abitato, fosse luogo di sepoltura di capi longobardi, e che venissero da questi dedicate al loro santo protettore, ossia S.Michele, di cui se ne divulgò il culto. E’ noto che il culto di S. Michele si diffonda fin dal V secolo sul Gargano, dove sostituisce precedenti culti pagani. La storia del santuario garganico è ricostruita in prevalenza sulla base del Liber de apparitione sancti Michaelis in monte Gargano, in cui si narra la leggenda di Gargano, ricco possidente, che una sera, al rientro degli armenti dal pascolo, si accorge che manca un toro. Dopo affannose ricerche il toro viene trovato in prossimità di una grotta. Gargano, irato, scaglia contro di lui un dardo, che però, invece di colpire il toro, torna indietro e ferisce mortalmente Gargano.
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